• Im Sog der Säkularisierung. Die deutschen Kirchen in Politik und Gesellschaft (1945-1990), Berlin: be.bra, 2021, 208 S.
• Bruno Blau. Ein deutsch-jüdisches Leben, Berlin: Duncker & Humblot, 2018, 190 S. (zusammen mit Christoph Bothe).
• Neuere deutsch-jüdische Geschichte. Konzepte – Narrative – Methoden, Stuttgart: Kohlhammer, 2017, 277 S. (zusammen mit Michał Szulc).
• Die Bonner Republik. Politisches System und innere Entwicklung der Bundesrepublik, Berlin: be.bra 2010, 206 S.
• Deutschland, jüdisch Heimatland. Die Geschichte der deutschen Juden vom Kaiserreich bis heute, 369 Seiten, München / Zürich: Piper, 2008, 369 S. ( zusammen mit Michael Wolffsohn).
• Denkmalsturz? Brandts Kniefall, München: Olzog, 2005, 178 S. (zusammen mit Michael Wolffsohn).
• Der Vatikan und die Juden. Geschichte einer unheiligen Beziehung vom 16. Jahrhundert bis zur Gegenwart. München: C.H. Beck, 2005, 326 S.
• Das Ende der doppelten Schutzherrschaft. Der Heilige Stuhl und die Juden am Übergang zur Moderne (1775-1870), Stuttgart: Hiersemann Verlag, 2004, 513 S. (= Päpste und Papsttum, Bd. 32).
• Paul VI. - Rom und Jerusalem. Konzil, Pilgerfahrt, Dialog der Religionen, Trier: Paulinus, 2000, 304 S. (zusammen mit Hardy Ostry).
• Die Deutschen und ihre Vornamen. 200 Jahre Politik und öffentliche Meinung, München / Zürich: Diana Verlag 1999, 468 S. (zusammen mit Michael Wolffsohn).
• Großdeutsche Geschichtsschreibung im 19. Jahrhundert. Die erste Generation, Berlin: Duncker & Humblot, 1996, 533 S. 

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• Zeitgeschichte in Lebensbildern. Katholische Persönlichkeiten des 20. und 21. Jahr­hun­derts (Bd. 13 der Gesamtreihe), Münster: Aschendorff, 2022 (zusammen mit Jürgen Aretz und Stefan Mückl).
• Hier geblieben? Brandenburg als Einwanderungsland vom Mittelalter bis heute, Potsdam: Universitätsverlag, 2022, 262 S. (zusammen mit Matthias Asche)(als e-book unter DOI: doi.org/10.25932/publishup-49936).
• Kirchliche Zeitgeschichte. Bilanz – Fragen – Perspektiven, Göttingen: Vandenhoeck & Ruprecht, 2021, 350 S. (zusammen mit Frank Kleinehagenbrock, Claudia Lepp und Harry Oelke).
• "In dieser Stunde der Kirche". Zum 100. Geburtstag von Julius Kardinal Döpfner, Würzburg: Schöningh, 2013 (= Bad Kissinger Archiv-Schriften, Bd. 2), 160 S.
• Die Kirchen und die Verbrechen im nationalsozialistischen Staat, Göttingen: Wallstein Verlag, 2011 (= Dachauer Symposien zur Zeitgeschichte, Bd. 11), 323 S. (mit Harry Oelke).
• Identität und Erinnerung. Schlüsselthemen deutsch-jüdischer Geschichte und Gegenwart, 224 Seiten, München, Olzog Verlag 2009.
• Das Reichskonkordat 1933. Forschungsstand, Kontroversen, Dokumente, Paderborn: Schöningh, 2007 (= Veröffentlichungen der Kommission für Zeitgeschichte, B 109).
• Geschichte als Falle. Deutschland und die jüdische Welt. Für die Forschungsstelle deutsch-jüdische Zeitgeschichte herausgegeben von Michael Wolffsohn und Thomas Brechenmacher, Neuried bei München: ars una, 2001.

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• seit 2008 Mitherausgeber, seit 2012 Geschäftsführender Herausgeber des Historischen Jahrbuchs HJb
  Das seit 1880 im Auftrag der Görres-Gesellschaft erscheinende "Historische Jahrbuch" zählt zu den ältesten geschichtswissenschaftlichen Fachzeitschriften Deutschlands.
  Seit Jahrgang 132 (2012) wirken Prof. Dr. Christoph Kampmann (Marburg) und Prof. Dr. Thomas Brechenmacher (Potsdam) als geschäftsführende Herausgeber.
  Manuskripte, die für eine Veröffentlichung im "Historischen Jahrbuch" in Frage kommen, bitten wir an Herrn Prof. Dr. Thomas Brechenmacher (Universität Potsdam, Historisches Institut, Am Neuen Palais 10, 14469 Potsdam) einzusenden. Die Entscheidung über die Publikation eines Manuskripts wird nach einer Begutachtung durch je zwei der Herausgeber des "Historischen Jahrbuchs" getroffen.
  Die formale Einrichtung der Manuskripte sollte sich nach diesem Style Sheet richten.
  Bestellformular für das Historische Jahrbuch.
• seit 2010 Mitherausgeber der "Römischen Quartalschrift für Christliche Altertumskunde und Kirchengeschichte"

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• Die Kirchen in der DDR und in der Bundesrepublik im Geflecht der staatlichen Logiken. Zur Spezifik einer Verflechtungsgeschichte der beiden Großkirchen während der Zeit der deutschen Teilung, in: Historisches Jahrbuch 144 (2024), S. 435-447.
• Päpste und Juden, in: Christian M. Rutishauser / Barbara Schmitz / Jan Woppowa (Hg.), Jüdisch-christlicher Dialog. Ein Studienhand­buch für Lehre und Praxis, Tübingen 2024. S. 73-86.
• Der Weg zum Staat Israel (= KAS Zeitgeschichte aktuell, Nr. 13 / Mai 2024); https://www.kas.de/de/zeitgeschichte-aktuell/detail/-/content/der-weg-zum-staat-israel.
• Fontanes jüdische Welt. Ein Versuch, in: Martin Hille / Marc von Knorring / Desiderius Meier (Hg.), Vom Nutzen der Historie. FS Hans-Christof Kraus zum 65. Geburtstag, Berlin 2023, S. 101-115.
• Art. „Judentum“, in: Rolf Parr / Gabriele Radecke / Peer Trilcke / Julia Bertschik (Hg.), Fontane-Handbuch, Berlin 2023, S. 1200-1207.
• Fontanes jüdische Namen – Preziosa und Certifikate, Diskurse und Konnotationen, in: Peer Trilcke (Hg.): Fontanes Medien, Berlin / Boston 2022, S. 337-353.
• Streng reglementierte Einwanderung. Die Neu-Etablierung jüdischen Lebens in Brandenburg-Preußen seit 1671, in: Matthias Asche /Thomas  Brechenmacher (Hg.), Hier geblieben? Brandenburg als Einwanderungsland vom Mittelalter bis heute, Potsdam 2022, S. 77-93.
• „Katholizismusforschung“, „kirchliche Zeitgeschichte“, „Katholischsein“. Der Forschungsgegenstand der Kommission für Zeitgeschichte in Praxis und Reflexion, in: Thomas Brechenmacher / Frank Kleinehagenbrock / Claudia Lepp / Harry Oelke (Hg.), Kirchliche Zeitgeschichte. Bilanz – Fragen – Perspektiven, Göttingen  2021, S. 95-112. 
• 1961: Die Kirchen zum Eichmann-Prozeß, in: Mitteilungen zur kirchlichen Zeitgeschichte 15 (2021), S. 75-96.
• Lorenz Kardinal Jaeger und die Erneuerung des Verhältnisses der Kirche zu den Juden, in: Arnold Otto / Nicole Priesching (Hg.): Lorenz Jaeger als Ökumeniker, Paderborn 2020, S. 285-320.
• Die CDU unter Angela Merkel (2000-2018), in: Norbert Lammert (Hg.): Christlich-Demokratische Union. Beiträge und Positionen zur Geschichte der CDU, München 2020, S. 81-135.
• Die Potsdamer Konferenz und die jüdischen Organisationen, in: Jürgen Luh (Hg.): Potsdamer Konferenz 1945. Die Neuordnung der Welt, Dresden 2020, S. 142-155.

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